Trong nhiệm kì Phó Thủ tướng (2011-2016), ngày 4 tháng 2 năm 2013, Vũ Văn Ninh kí thay Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng quyết định tái cơ cấu Tổng công ty Hàng hải Việt Nam giai đoạn 2012-2015, theo đó Tổng công ty này giữ 75% vốn điều lệ của Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên cảng Quy Nhơn. Ngày 8 tháng 9 năm 2014, Vũ Văn Ninh kí tiếp công văn cho phép bán hết vốn nhà nước tại Công ty cổ phần cảng Quy Nhơn. Cho đến ngày 8 tháng 9 năm 2015, 86,23% vốn điều lệ của Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên cảng Quy Nhơn đã do Công ty cổ phần đầu tư và khoáng sản Hợp Thành, một công ty tư nhân ở Hà Nội nắm giữ. Thanh tra Chính phủ cho rằng quý trình cổ phần hóa cảng Quy Nhơn có sai phạm và yêu cầu thu hồi vốn nhà nước.[4] Tại kì họp thứ 35 của Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam tại Hà Nội từ ngày 24 đến 26 tháng 4 năm 2019 do Trần Cẩm Tú chủ trì, Ủy ban này đã kết luận Vũ Văn Ninh "có vi phạm, khuyết điểm trong việc quyết định chủ trương thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại một số doanh nghiệp thuộc Bộ Giao thông vận tải".[5]

Ngày 19/7/2019, tại Hà Nội, dưới sự chủ trì của Tổng Bí thư, Chủ tịch nước Nguyễn Phú Trọng, Bộ Chính trị họp xem xét, thi hành kỷ luật đối với ông Vũ Văn Ninh, nguyên Ủy viên Trung ương Đảng, nguyên Ủy viên Ban cán sự đảng Chính phủ, nguyên Phó Thủ tướng Chính phủ. Căn cứ Quy định số 102-QĐ/TW, ngày 15/12/2017 của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm, xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả vi phạm và quá trình công tác, cống hiến, đóng góp của ông đối với Đảng, Nhà nước, Bộ Chính trị quyết định thi hành kỷ luật ông Vũ Văn Ninh bằng hình thức cảnh cáo.

Ngày 01 tháng 11 năm 2019, Tại Quyết định 1506/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức Cảnh cáo đối với ông Vũ Văn Ninh, nguyên Phó Thủ tướng Chính phủ nhiệm kỳ 2011 - 2016, do có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác; Bộ Chính trị đã thi hành kỷ luật về Đảng.